واعتقل الأسواني عام 1981 على ذمة قضية تنظيم الجهاد في أعقاب اغتيال السادات.. ووجهت له تهمة قلب نظام الحكم بالقوة وعوقب بالأشغال الشاقة المؤبدة.. ثم صدر حكم آخر ضده بـ 12 عاماً في أعقاب محاولة الهروب نتيجة للمعاملة السيئة داخل السجون، فأصبح مُجمل الأحكام الصادرة ضده حوالى 40 عاماً.

وتوضح بعض التقارير الطبية الرسمية أن ''الأسواني'' يعاني من عدد كبير من الأمراض الخطيرة التي تهدد حياته، وتشفع له بأن يموت في سريره بعد أن حُرم من المحاكمة العادلة والمعاملة الإنسانية الكريمة في آن واحد.

ووفقاً لتقرير صادر عن سجن طره، فإن الأسواني يعاني من حالة شلل نصفي وضعف في الجانب الأيسر في أعقاب حدوث جلطة في المخ، ضيق شديد في الصمام الميترالى مع وجود اضطرابات فى القلب، ارتفاع شديد في ضغط الدم، ارتفاع في نسبة السكر في الدم، والاعتماد على الأنسولين، تضخم بالكبد، بالإضافة إلى ضمور بالكلية اليسرى ووجود حصوات بها.